Bốn mục tiêu cơ bản của chương trình Tây Nguyên 3:

• Đánh giá thực trạng tài nguyên môi trường tự nhiên và kinh tế, văn hoá, xã hội của Tây Nguyên sau hơn 20 năm khai thác (kể từ sau chương trình Tây Nguyên II, năm 1988) nhằm đề xuất và xây dựng luận cứ KHCN phát triển bền vững Tây Nguyên giai đoạn 2010 - 2020 và tầm nhìn 2030.
• Cung cấp cơ sở dữ liệu phục vụ qui hoạch phát triển kinh tế - xã hội Tây Nguyên và các địa phương xây dựng kế hoạch 5 năm trước mắt và tiếp theo.
•  Nghiên cứu đề xuất chuyển giao công nghệ tạo ra các sản phẩm hàng hoá và công nghệ xử lý môi trường nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế, bảo vệ môi trường, phát triển tiềm lực KHCN Tây Nguyên.
• Nghiên cứu cảnh báo thiên tai nguy hiểm thường xảy ra trên Tây Nguyên; đồng thời xây dựng các giải pháp phòng tránh giảm nhẹ thiệt hại do các dạng thiên tai này gây ra.

Để thực hiện được 4 mục tiêu cơ bản trên, chương trình sẽ tập trung nội dung nghiên cứu chính hướng tới mục tiêu phát triển bền vững Tây Nguyên bao gồm 3 cực:

• Bền vững về tăng trưởng kinh tế, tạo ra nhiều sản phẩm hàng hoá có hiệu quả và hàm lượng tri thức cao, thu hút được đầu tư doanh nghiệp.
• Bền vững về quản lý tài nguyên hạn chế suy thoái môi trường bằng các công nghệ hiện đại.
• Bền vững về quản lý xã hội, tăng lao động, việc làm duy trì bản sắc văn hoá dân tộc bằng các chủ trương chính sách, mô hình tổ chức xã hội phù hợp qui luật khách quan.

Tháng 03/2011, Bộ Khoa học và Công nghệ đã phê duyệt nội dung chương trình và tháng 09/2011 đã quyết định Ban chủ nhiệm chương trình bao gồm 07 thành viên thuộc Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam, Viện Khoa học Xã hội Việt Nam, Liện Hiệp hội Việt Nam, Bộ Khoa học và Công nghệ, Đại học Tây Nguyên đồng thời quyết định cơ quan chủ trì Chương trình là Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam.

Ngày 25/11/2011, Ban chủ nhiệm Chương trình Tây Nguyên 3 phối hợp với Ban chỉ đạo Tây Nguyên đã tổ chức thành công Hội nghị triển khai Chương trình “Khoa học và Công nghệ phục vụ phát triển Kinh tế - Xã hội vùng Tây Nguyên” (Chương trình Tây Nguyên 3) tại Buôn Ma Thuật. Theo đánh giá của các đại biểu Hội nghị: Chương trình Tây Nguyên lần thứ 3 sẽ đáp ứng được những vấn đề đặt ra và yêu cầu của giai đoạn mới, đòi hỏi có chiều sâu, tư duy lại cơ cấu nền kinh tế, phát triển bền vững. Đây là thời cơ quan trọng để đầu tư tập trung cho phát triển Kinh tế - Xã hội Tây Nguyên. Cách đặt vấn đề và tiếp cận có tính kế thừa và sáng tạo. Tiếp theo Hội nghị triển khai Chương trình Tây Nguyên 3, lãnh đạo Viện KHCNVN cùng ban chủ nhiệm và Văn phòng Chương trình ký kết hợp tác về đào tạo vầ nghiên cứu khoa học, công nghệ với trường đại học Tây Nguyên, làm việc và trao đổi hợp tác nghiên cứu khoa học, công nghệ với các sở Khoa học và Công nghệ, các liên hiệp hội KHKT ở địa phương các tỉnh thuộc Tây Nguyên.

Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã thành lập các Hội đồng tư vấn khoa học và công nghệ xác định nhiệm vụ, xét chọn, phê duyệt đề cương và ký hợp đồng 19 đề tài bắt đầu thực hiện từ năm 2011. Tổng kinh phí cho 19 đề tài và nhiệm vụ của Văn phòng Chương trình Tây Nguyên 3 năm 2011 là 37.000 triệu đồng.